Dès le début de son histoire, le MMRA a envisagé de construire des barrages sur un certain nombre des principales rivières à marée qui se déversaient dans la baie de Fundy, pensant que les terres agricoles pourraient être protégées contre les marées, sans avoir à reconstruire les digues et les aboiteaux en amont. Avant de transférer le contrôle aux gouvernements du Nouveau-Brunswick et de la Nouvelle-Écosse en 1970, le MMRA a construit cinq barrages de ce type, créant ainsi un nouveau paysage, une troisième nature, qui a été marquée par la création de bassins d’eau douce en amont, ainsi que par l’accumulation de quantités massives de sédiments immédiatement en aval des barrages, du limon qui aurait été auparavant réparti le long des rivières aujourd’hui tronquées.
L’impact du programme de construction de barrages du MMRA a été le plus important dans le cas d’une structure, achevée en 1968, qui a bloqué la rivière Petitcodiac, créant ainsi une nouvelle traversée de rivière entre Moncton et sa banlieue en pleine croissance. Si le barrage a créé un lac d’eau douce qui est devenu un élément central de la vie de ces résidents de banlieue, le pont-chaussée Petitcodiac a également entraîné la destruction des stocks de poissons (incapables de franchir le barrage et sa passe migratoire) et le rétrécissement de la rivière en aval du barrage (en raison de l’accumulation de limon). Après quarante ans de campagne de réouverture de la rivière, les vannes du barrage ont été ouvertes définitivement en 2010, et la structure qui abritait ces vannes sera bientôt remplacée par un pont.